معایب

علاوه بر این، چند اشکال یا نقطه ضعف در این گونه از معاملات وجود دارد که باید در نظر گرفت:  

۱- تاخیر: معاملات الگوریتمی بر اجرای سریع و بدون تاخیر معاملات تکیه دارد. چنانچه یک معامله به اندازه کافی سریع اجرا نشود، ممکن است منجر به از دست رفتن فرصت‌ها یا زیان شود.
۲- رویدادهای قوی سیاه: معاملات الگوریتمی با تکیه بر داده‌های تاریخی و مدل‌های ریاضی به پیش‌بینی روند آتی بازار می‌پردازد، اما، اختلالات پیش‌بینی نشده بازار، معروف به رویدادهای قوی سیاه، ممکن هست رخ دهند که می‌توانند موجب زیان معامله‌گران الگوریتمی شوند.
۳- وابستگی به فناوری: معاملات الگوریتمی بر پایه فناوری شامل برنامه‌های کامپیوتری و اینترنت پرسرعت استوار است. مشکلات و یا خرابی‌های فنی، می‌تواند فرایند معامله را با اخلال مواجه کرده و به زیان منجر شود.
۴- تاثیر بر بازار: معاملات الگوریتمی می‌تواند اثر قابل توجهی بر قیمت‌ها در بازار گذاشته و موجب زیان معامله‌گرانی شود که قادر به تطبیق معاملات خود در پاسخ به تغییرات قیمتی مذکور نمی‌باشند. همچنین در برخی مواقع الگوتریدینگ مشکوک به افزایش نوسانات بازار است که حتی منجر به سقوط آنی بازار می‌شود.    
۵- مقررات: معاملات الگوریتمی تابع الزامات مقرراتی و نظارتی مختلفی است که رعایت آن‌ها می‌تواند پیچیده و زمان بر باشد.
۶- مخارج سرمایه‌ای بالا: توسعه و پیاده‌سازی سیستم‌های معاملات الگوریتمی می‌تواند پرهزینه باشد و نیاز به پرداخت کارمزدهای مستمر توسط معامله‌گران در ازای برنامه‌ها و داده‌یابی (خوراک دهی داده) وجود داشته باشد.
۷- محدودیت در سفارشی‌سازی: سیستم‌های معاملات الگوریتمی مبتنی بر قوانین و دستورالعمل‌های از قبل تعریف شده هستند. این امر توانایی معامله‌گران در سفارشی‌سازی معاملات خود به منظور تامین نیازها و ترجیحات شخصی آن‌ها را محدود می‌کند.
۸- نبود قضاوت‌های انسانی: معاملات الگوریتمی بر مدل‌های ریاضی و داده‌های تاریخی تکیه می‌کند که به معنی در نظر نگرفتن عوامل ذهنی و کیفی اثرگذار بر بازار است. برای معامله‌گرانی که رویکردی شهودی‌تر و غریضی‌تر را در معاملات ترجیح می‌دهند، نبود قضاوت‌های انسانی یک کاستی به شمار می رود.